Farmakofor Screening menggunakan Ligand Scout
FARMAKOFOR SCREENING Farmakofor screening merupakan bagian dari metode CADD , yaitu Ligand-based Drug Design ( LBDD ). Pada metode ini kita akan mengetahui compound aktif dari senyawa uji berdasarkan hasil screening fitur farmakofor. Berikut ini tahapan dalam melakukan LBDD terdiri dari validasi metode dan screening ligan uji . Validasi Metode Validasi metode bertujuan memperoleh model farmakofor terbaik berdasarkan ROC ( Receiver Operating Characteristic ) yang terdiri dari nilai AUC ( Area Under Curve ) dan IF ( Enrichment Factor ) 100% sehingga digunakan untuk screening senyawa uji. 1. Mendownload actives dan decoys Actives dan decoys dapat didownload pada website dude.docking.org dimana kita dapat mencari target dengan mengklik browse kemudian tentukan nama target, misalnya ACE ( Angiotensin-converting enzyme ). Kemudian download actives_final.sdf.gz juga decoys_final.sdf.gz ...